Существует ли руководство или сайт, на котором я могу получить информацию о передовых методах настройки пулов приложений IIS 7?
Посмотрите на http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc753734(WS.10).aspx для обзора IIS 7, но посмотрите на раздел Понимание сайтов, приложений и виртуальных каталогов http://learn.iis.net/page.aspx/150/understanding-sites-applications-and-virtual-directories-on-iis-7/
Трудно действительно собрать воедино лучшие практики, поскольку каждая настройкаотличается, однако обычно это сводится к производительности в сравнении с безопасностью.
Краткий ответ - сгруппировать схожие требования безопасности в одни и те же пулы приложений, но не бойтесь создавать дополнительные пулы приложений.