Если вы отодвинули свои последние изменения на github, и разветвитель получил и слил их, и отодвинул результат назад, автоматическое слияние должно быть возможным.Я сильно подозреваю, что один из вас пропустил один из этих шагов.
Вы можете просто внести изменения и объединить их самостоятельно:
git pull git://github.com/forker/project.git