Вы не должны вызывать загрузчик из WiX - это не имеет смысла.Идея загрузчика заключается в «начальной загрузке» предварительных условий установки (в вашем случае .NET и SQL Express) и основного установочного пакета.Основной пакет, который вы генерируете с помощью WiX, должен запускаться изнутри загрузчика, когда предварительные условия проверены и установлены по желанию.
См. в этой статье , чтобы лучше понять, как начать с начальной загрузки с WiX.