У меня есть продукт под названием ClickOnceMore (www.clickoncemore.net), который разработан для этого типа использования.Его основное использование заключается в автоматизации части ClickOnce вашей сборки.
Он имеет полную поддержку расширений макросов, позволяя вам определять, например, версии DEV и PROD.Когда вы создаете, вы можете определить, для какой среды вы создаете, и тогда имя приложения будет отражать это.Проверьте это, если у вас есть шанс.