Получил два апплета.
Как мне заставить их обоих работать?
Если бы я мог управлять апплетом B, я мог бы указать его для использования 1.4 JRE.
http://java.sun.com/javase/6/webnotes/family-clsid.html
С 6u10 есть плагин вне процесса. Это позволяет запускать несколько процессов JRE, поэтому при выборе версии можно выбрать более одной версии JRE.
Лучше: заставить Апплет B работать на 1.6.