Вы можете переопределить предупреждение по умолчанию () с помощью кода
(function() {
var proxied = window.alert;
window.alert = function(args) {
doAlert(args); //your own function
};
})();
Тогда вы можете использовать диалог JQuery, как вам нравится. Но имейте в виду, что диалоговое окно jquery не является блочным, как это делает исходное окно оповещения.