Мне удалось сделать эту работу.Я делал инъекцию так:
@Resource
TransactionSynchronizationRegistry trx;
, поэтому вместо модификации weblogic-ejb-jar.xml я изменил инъекцию так, чтобы она стала такой:
@Resource (mappedName = "java:comp/TransactionSynchronizationRegistry")
TransactionSynchronizationRegistry trx;
Это сработало!