Следуйте предложению ALex, но с использованием кода CI :). Что я имею в виду, попробуйте сбросить данные каждой сессии в отдельности. Я однажды читал о проблеме в версии 2.0.3, думаю, но сейчас не помню, и у меня нет времени искать ссылку. Это на их форуме, хотя, и предложение было то же самое: сбросить каждый элемент сеанса один за другим.
$this->session->unset_userdata('data_one');
$this->session->unset_userdata('data_two');
$this->session->unset_userdata('data_three');
$this->session->unset_userdata('data_one');
$this->session->sess_destroy();
redirect('home','refresh'); // <!-- note that
//you should specify the controller(/method) name here
Вам нужно для перенаправления, потому что сеанс CI - это просто куки, а не собственный массив сеансов php.
Другое дело ... убедитесь, что ошибка не в ваших методах входа в систему, которая регистрирует вас независимо от того, успешно ли вы вышли из системы или нет!