Если вы установили как службу, используя встроенный установщик службы Windows, она записывает информацию о конфигурации в ваш реестр. Я думаю, что вы можете использовать regedit для навигации под
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Apache Software Foundation/Procrun 2.0/TomcatX/Parameters/Start
И измените ключ Params, добавив аргумент в конец. Я не пробовал это специально, но я изменил некоторые параметры (опции Java) в реестре при использовании службы Windows.
В противном случае вам потребуется открыть файл .bat, который создает службу, изменить соответствующие строки и заново создать службу.