У вас есть пользователь, который использует всплывающие окна входа в FB и код авторизации FB?
Не уверен, что это будет работать в вашей ситуации, но для кода loginURL вы можете передать redirect_uri, которыйукажите страницу, на которую вы хотите, чтобы они были перенаправлены после завершения входа в систему и процедуры аутентификации.
$url = $facebook->getLoginUrl(array('scope'=>'offline_access,publish_stream,email',
'redirect_uri'=>'https://www.mysite.com/mysite/'));
Надеюсь, это то, что вы искали.