SQL Server должен нормально реагировать на уничтожение любого процесса.Тем не менее, это может занять некоторое время для очистки после себя.Например, если вы убьете большой запрос на обновление, ему придется откатить транзакцию.Поскольку в построении индекса у него не должно быть таких проблем, и он должен возвращаться относительно быстро.Суть в том, что если вы дадите завершению убийства, не делая ничего радикального, например, выключение питания, у вас все будет хорошо.