PHP-скрипт связывается с сервером MySQL так же, как вы используете Интернет, только с другим протоколом (вместо HTTP он использует синтаксис MySQL). Если вы устанавливаете сервер на localhost, ему фактически не нужно использовать Интернет, но он все равно делает то же самое, только в автономном режиме, так же, как если бы вы связывались с вашим локальным хостом через браузер. Возвращенные данные отправляются обратно в скрипт PHP.
Подобно тому, как HTTP использует порт 80, MySQL использует порт 3306. Вы могли бы фактически связаться с MySQL самостоятельно вне PHP технически.