Полагаю, вам нужно использовать регулярное выражение или простое find-replace в вашей строке, которое после такой обработки может использоваться объектом PDO как правильная команда SQL.
Вот пример:
$subject = "CREATE TABLE :prefixbase(table_structure)";
$sql = preg_replace('/(:prefix)/', 'userprefix_', $subject);
// or
$sql = str_replace(':prefix', 'userprefix_', $subject);
PS Надеюсь, я правильно понял ваш запрос.