Ну, на самом деле я думаю, что вам может даже не понадобиться ответ (почти два года спустя), но я все равно поделюсь документом (только нашел решение, которое могли бы использовать другие).
Проблема: при поиске некоторых пакетов я случайно нажал «Добавить в путь сборки» в пакете, и после того, как я нажал Ctrl + Z, пакет стал папкой.
Решение, которое я нашел, было на .classpath.Там была строка с именем пакета, который я только что добавил в путь сборки (даже после Ctrl + Z).Удалите эту строку, и после обновления проекта вся ваша папка src будет превращена в обычную папку.
Затем щелкните правой кнопкой мыши src , следуя этому пути: src> Путь сборки> Использовать в качестве исходной папки .
Это решило проблему, ятолько что проверил результат.Надеюсь, это поможет.