В хранилище данных App Engine хранятся только буферы протоколов модели.Если буфер протокола, который посылает вам ваш клиент, представляет собой модель PB, вы можете сохранить его напрямую, вставив его в API низкого уровня.Если это какой-либо другой тип PB, вам нужно либо преобразовать его (вручную) в сущность, либо вам нужно сериализовать его и сохранить в двоичном свойстве сущности.Какой из них вы выберете, зависит от того, как вам нужно запросить хранимый объект.
В любом случае, JDO, вероятно, плохой выбор - вы должны изучить Objectify или напрямую использовать низкоуровневый API.