Вы сделали ложное предположение - SWFObject не претендует на возврат 0.0.0, когда Flash установлен, но не активен. Это может быть побочным продуктом обработки Flash Player в браузерах, отличных от IE, но это не официальная функция SWFObject.
( Вы можете прочитать документацию swfobject.getFlashPlayerVersion
API здесь )
SWFObject определяет, установлен ли Flash Player, не проверяет, был ли он отключен пользователем. Фактически, почти невозможно надежно определить, был ли Flash отключен пользователем из-за различных способов, которыми браузеры реализуют свои плагины Flash Player. Аналогичным образом, разработчики Flash, использующие SWFObject, часто сталкиваются с проблемами у конечных пользователей, которые устанавливают такие расширения браузера, как AdBlock и FlashBlock.