ImageMagick 6.6.0-4 только что успешно преобразовал файл PDF-1.4 в формат .png. Какую версию PDF-файлов вы используете и какую версию конвертируете?
Вы определяете версию PDF с помощью: head -c 8 myfile.pdf
Версия ImageMagick: convert --version
Что вы можете сделать, чтобы диагностировать проблему: apt-get source imagemagick
и использовать номера исходных строк в сообщениях об ошибках, чтобы найти проблему, и, возможно, исправить программу для распознавания PDF, даже если вы должны сообщить программе игнорировать определенные разделы.