mat1 = mat(1:4:end);
mat2 = mat(2:4:end);
mat3 = mat(3:4:end);
mat4 = mat(4:4:end);
Редактировать: чтобы обратиться к комментарию, чтобы сделать его немного более общим, я бы использовал массивы ячеек и сделал бы что-то вроде
for i = 1:n,
submat{i} = mat(i:n:end);
end