Это можно сделать с помощью активации профиля и пользовательского свойства.
Если вы окружаете свой плагин клевера профилем и используете активацию профиля, вы можете определить свойство в командной строке, когда хотите его запустить.
<profiles>
<profile>
<activation>
<property>
<name>clover</name>
</property>
</activation>
...
</profile>
</profiles>
Затем при вызове maven используйте -Dclover в командной строке, чтобы активировать шаги клевера. Если вы не предоставите -Dclover, то клевер не запустится.