Как упоминалось ранее, вы всегда должны делать свои идентификаторы уникальными, и подмена класса будет хорошим подходом.
С учетом сказанного вы можете ссылаться на необходимые элементы следующим образом:
HTML:
<div id="column1" >
First <input checked="checked" type="checkbox" name="days" value="Chk1" id="id_days_0" />
</div>
<div id="column2" >
Second <input checked="checked" type="checkbox" name="days" value="Chk2" id="id_days_0" />
</div>
JavaScript:
alert("Check1 = "+$("#column1 #id_days_0").val()+"\n"+"Check2 = "+$("#column2 #id_days_0").val());
Причина того, что этот может работать, связана с ссылками на объекты, основанными на обращении к родительскому элементу в первую очередь.и потом ребенок.
Рабочий пример: http://jsfiddle.net/8VqtE/