Вы пытались обернуть процессный код процесса установки в ThreadPool.QueueWorkUserItem?
UPDATE
Попробуйте украсить службу WPF Hosted WCF с помощью
[ServiceBehavior(UseSynchronizationContext=false)]
чтобы остановить обслуживание запросов на UIThread и, таким образом, сделать возможным блокировку на дескрипторе процесса.