Если все остальное терпит неудачу (другие ответы уже кажутся хорошими, но вы специально сказали, что предложенные ими функции не работают), попробуйте что-то вроде этого:
fid = fopen('test.txt');
for i = 1:1000
A{i} = fscanf(fid,'%s',1);
end
fclose(fid)
Просто убедитесь, что ваш цикл достаточно длинный, чтобычитать каждое слово.