Да, просто добавьте вид баннера к:
[[CCDirector sharedDirector].openGLView addSubview:bannerView];
Это, конечно, предполагает, что ваш bannerView является представлением UIKit, как и большинство баннеров. Если ваш баннерный вид на самом деле является спрайтом или другим узлом cocos2d, у вас нет другого выбора, кроме как продолжать делать то, что вы уже делаете. Единственный способ убедиться, что представление остается постоянным, это изменить CCDirector, в частности, метод replaceScene должен будет удалить представление из текущей сцены и добавить его обратно в следующую сцену.