Веб-приложения и веб-службы Джерси оба развернуты в WAR. Итак, у вас есть несколько вариантов.
Вы можете объединить их в одно веб-приложение и развернуть одну WAR.
Вы можете развернуть их в отдельных WAR, в разных контекстах (например, / war1, /ws2).
Вы можете создать новый виртуальный сервер (который может прослушивать любой порт) и одну WAR для каждого, и тогда они оба могут использовать один и тот же контекст, они просто используют разные хосты и / или порты.
Не ясно, какая у вас проблема или что вы пытаетесь сделать, но это три основных варианта, доступных вам.