1001 Ошибки всегда являются результатом пользовательского действия InstallUtil.Либо вы добавили компонент и задали для атрибута класса .NET Installer значение true, либо использовали модуль слияния, для которого есть настраиваемое действие.
Эти настраиваемые действия действительно ужасны, и вам следует изменить свой установщик, чтобы он не требовал настраиваемогоили используйте вместо этого пользовательское действие WiX DTF.