Вы должны явно указать NH, какие дополнительные объекты вы хотите, чтобы он создал для вас.Насколько я знаю, свободный NH не позволяет напрямую настраивать вспомогательные объекты базы данных.Добавьте в ваш проект файл .hbm.xml в качестве встроенного ресурса
<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<hibernate-mapping xmlns="urn:nhibernate-mapping-2.2">
<database-object>
<create>
create ...
</create>
<drop>
drop ...
</drop>
</database-object>
</hibernate-mapping>
Затем скажите свободному NH выбрать его
.Mappings(m =>
{
m.HbmMappings.AddFromAssemblyOf<...>();
...
})
SchemaExport выполнит ваши секции создания и удаления при экспорте схемы.