У вас есть два варианта (по крайней мере). Фиксация "в процессе" или тайник.
Фиксация "в процессе" - это просто: это коммит в ветке, представляющий незавершенную работу:
$ git commit -am'WIP (description here)'
$ git checkout master
Позже, когда вы вернетесь в свою ветку, вы можете продолжить работать и совершать:
$ git checkout mybranch
# do work
$ git commit -am'Finish WIP (description here)'
Когда вы закончите, вы можете объединить ваши "WIP" коммиты, если хотите, в последовательные коммиты без доказательств того, что вы совершили частичную работу:
$ git rebase -i HEAD~2 # See instructions for rebase -i elsewhere
Или вы можете использовать тайник:
$ git add .
$ git stash save 'WIP (descriptino here)'
$ git checkout master
Позже, когда вы вернетесь в свою ветку:
$ git checkout my_branch
$ git stash pop
Вы будете там, где остановились.