PHP 5.3 пометил несколько старых функций как устаревшие, поэтому ваши php-скрипты теперь жалуются, если они используют одну из них.
Грязным способом обойти это будет изменение поведения ошибки php (либочерез php.ini или в самом скрипте при использовании error_reporting )
Лучше: обновите ваши PEAR-скрипты, если есть обновления.
pear update-channels
pear upgrade-all
Попробуйте этосначала в безопасной среде, чтобы не допустить взлома еще большего количества кода из-за возможных изменений в используемых вами сценариях Pear.
Хорошую сводку всех измененных функций, которые в настоящее время устарели, можно найти здесь .