Этот файл содержит фактические данные и не может быть напрямую объединен.
Во-первых, я рекомендую изучить вариант:
[mysqld]
innodb_file_per_table=1
В вашем my.cnf. Во-вторых, я хотел бы использовать mysqldump для передачи данных на сервер C с одного из двух других серверов (после копирования файлов первого).