У меня была эта проблема, DLL-библиотеки GAC не включены в ссылки.
Ознакомьтесь с этой записью, которую я сделал: Добавление ссылки в Framework 4 Приложение не показывает сборки в GAC, зарегистрированном в GACUtilV 4
Чтобы упростить задачу, ссылка на статью MSDN: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/wkze6zky(VS.100).aspx
А для перефразирования создайте запись в следующем формате: [HKEY_CURRENT_USER \ SOFTWARE\ Microsoft.NETFramework \ v4.0.30319 \ AssemblyFoldersEx \ MyMagicAssemblies], а затем задайте в качестве значения (по умолчанию) строку, в качестве которой будет указан искомый путь.Посмотрите в своем реестре примеры того, как это настроить (поэтому значение по умолчанию становится следующим: c:\dlls\
v4.0.30319 будет заменено версией фреймворка, с которой вы хотите, чтобы библиотеки DLL отображались.
, поскольку ваши dll находятся в GAC, они будут использовать их в качестве фактической ссылки, а не файлы, которые вы показываете в списке ссылок. Только если номер версии dll отличается, он будет использовать вашу локальную версию.