Можно ли подключиться к pointbase
из сценария Java
Javascript не является Java Script.
Javascript - это клиентский язык для работы с веб-страницами. У него почти нет доступа к файлам (или базам данных).
Вам нужен серверный язык, например, Java, для подключения к базе данных. Вы можете использовать JDBC (вам потребуются драйверы для базы данных Pointbase .
Вы можете "вызвать" эту программу на стороне сервера из javascript. Как вы делаете, зависит от вашей архитектуры. У вас уже запущено веб-приложение Java (приложение Java EE)?