Краткий ответ: Да, вы можете.
Несколько более длинный ответ: я полагаю, вы говорите о приложениях ASP.NET? Вам просто нужно убедиться, что на этом сервере установлена правильная версия .NET Framework (1.1, 2.0 или 3.5). Версии Framework могут быть установлены параллельно на одном сервере.
Вот хорошая статья о миграции IIS гуру IIS Билла Стейплса: Как перейти с IIS 6 на IIS 7