Я не думаю, что это возможно, потому что процесс установки / удаления ClickOnce выполняется автоматически. Я не думаю, что у них есть способ расширить это.
Один немного уродливый способ сделать это - предоставить свой собственный загрузочный MSI и сделать так, чтобы развертывание ClickOnce требовало этого. Тогда у вас будет установлено 2 приложения: ваш MSI и приложение ClickOnce.