Mongodb не поддерживает транзакции. Из-за того, что mongodb был разработан для масштабирования (это означает разделение, репликация), распределенные транзакции могут быть очень дорогими и в целом замедлять работу базы данных. Таким образом, вы не можете заблокировать коллекцию A для записи, пока вы получаете / обновляете ее, загружая из B.
В mongodb есть какие-то транзакции - это атомные обновления для одного документа. Таким образом, вы можете обновить часть документа, не загружая его.