JavaScript не видит файловую систему пользователя.Это было бы огромной проблемой безопасности для всех и везде.Если вы имеете в виду файловую систему сервера, то, возможно, у вас уже есть лучший язык, такой как php, который может выводить содержимое каталога и динамически генерировать JS перед его отправкой в браузер.