На мой взгляд, MySQL и MsSQL - это два разных уровня систем баз данных.И какой из них вы выберете, зависит от ситуации (Linux, Windows) и ваших требований.На мой взгляд, MsSQL более развит и MySQL очень прост в использовании с веб-приложениями.
В Интернете есть что найти.