Самое простое решение - добавить @InstantiationCopyPolicy к вашему классу.
Это также зависит от ткачества (EclipseLink делает это, только когда ткачество включено, в частности, "eclipselink.weaving.internal" = "true").
Вы также можете очистить переходные поля с помощью postMerge / Clone DescriptorEvents.