Я тоже задумался над тем, как лучше организовать свои активы.
Когда я начинал с CodeIgniter, я читал, что все, что относится к одному приложению, должно находиться внутри папки приложения, а вещи, связанные с несколькими приложениями, должны помещаться в системную папку, поэтому я обычно помещал свои активы в application / assets /. ..
Не так давно я прочитал рекомендацию поместить ваши активы в папку в корне, либо
/css
/images
/js
или
/assets/css
/assets/images
/assets/js
В моем текущем проекте я решил использовать последнюю структуру.
Я не совсем уверен, каков ваш вопрос относительно файла .htaccess?