Синтаксис appcmd для добавления типа MIME для определенной папки выглядит следующим образом
appcmd set config "Default Web Site/MyFolder" /section:staticContent /+"[fileExtension='.* ',mimeType='application/octet-stream ']"
для удаления типа MIME для определенной папки (/ - вместо / +)
appcmd set config "Default Web Site/MyFolder" /section:staticContent /-"[fileExtension='.* ',mimeType='application/octet-stream ']"
Измените "Веб-сайт по умолчанию" на имя вашего веб-сайта