Создайте новый виртуальный каталог в IIS для размещения приложения-службы WCF - вы можете поместить приложение в inetpub \ wwwroot или указать виртуальный каталог на физическое местоположение приложения.
В свойствах виртуального каталога убедитесь, что на вкладке ASP.NET установлена версия ASP.NET 4.0.30319.
Также убедитесь, что ваш файл Web.config имеет правильные настройки для среды, в которой вы развертываете (то есть адрес службы и все остальное, что может быть специфичным для этой среды).
У вас не будет WAS в 5.1, поэтому вы не сможете использовать NetTcpBinding.
Для получения дополнительной информации вы также можете обратиться к MSDN - Как: разместить службу WCF в IIS , хотя она написана для более поздних версий IIS.