я думаю, вы хотите проверить (без удаления / замены) пустые строки в конце файла.
Вы можете попробовать:
awk '{a=$0;}END{if(!a)print FILENAME}' file
выводит имя файла, если в конце файла есть хотя бы одна пустая строка.
для рекурсии, вы можете использовать find ... |xargs awk '...'
обновлен
Хорошо, я сделал пример, чтобы вы могли проверить:
find . -iname "*.php"|xargs -n1 awk '{a=$0;}END{if(!a)print FILENAME}'
вышеприведенная строка будет рекурсивно проверять все php-файлы на основе вашего текущего каталога. Если в конце php-файла есть хотя бы одна пустая строка, выведите имя файла.