Возможно, можно написать скрипт CGI, развернуть его в Apache и вызвать его из Java.
Теоретически скрипт будет работать с теми же привилегиями, что и сам Apache, и может содержать код, необходимый для остановки сервера (apachectl -k stop).
В целях безопасности сценарий CGI будет принимать только локальные подключения и запрашивать пароль. Если все требования будут выполнены, вызов будет выполнен выше.