Получите "Eclipse IDE для разработчиков Java EE" и установите JBoss Tools. Сочетание этих двух параметров позволит вам настроить проекты и экземпляры серверов таким образом, чтобы их было легко развертывать и тестировать инкрементные изменения.
Обратите внимание, что для этого ваши проекты должны соответствовать требованиям WTP. Если вы еще не используете WTP, взгляните на структуру и метаданные проектов, созданных с помощью мастеров Dynamic Web Project, EJB и Enterprise Application Project. Либо скопируйте свой источник в новые проекты, либо скопируйте файлы и фрагменты метаданных (очень осторожно).