Я решил эту проблему, вы должны указать полное имя файла назначения для пункта назначения
destination = pathdirectory + filename. *
Я использую этот код для копирования wav-файла с shutil:
# open file with QFileDialog
browse_file = QFileDialog.getOpenFileName(None, 'Open file', 'c:', "wav files (*.wav)")
# get file name
base = os.path.basename(browse_file[0])
os.path.splitext(base)
print(os.path.splitext(base)[1])
# make destination path with file name
destination= "test/" + os.path.splitext(base)[0] + os.path.splitext(base)[1]
shutil.copyfile(browse_file[0], destination)