У меня была похожая проблема. Я использую Zend Framework, и когда я инициализировал параметры фронт-контроллера, я устанавливал baseUrl на www.mydomain.com , что делало каждую ссылку такой, как эта www.mydomain.com / www .mydomain.com .
Я оставил baseUrl на "", и она отлично работает. Я надеюсь, что этот ответ поможет другим с подобной проблемой.