Вы должны попробовать использовать
- (void)deleteRowsAtIndexPaths:(NSArray *)indexPaths
withRowAnimation:(UITableViewRowAnimation)animation
... в UITableView при удалении некоторых строк, поэтому вы также получаете анимацию при удалении
В противном случае
[tableView setNeedsDisplay];
... может помочь