Вы можете подавить вывод, используя evalc, но для этого необходимо передать выражение в виде строки. Например, если вы использовали:
[A,B,C] = notMyFunction(d,e,f);
Вы можете использовать вместо
[T,A,B,C] = evalc('notMyFunction(d,e,f);');
И любой вывод, который поступил бы на консоль, теперь будет буферизован и сохранен в T
.