Это зависит. И CryptoAPI (хорошо CSP для смарт-карты) и PKCS # 11 позволяют вам иметь экспортируемые пары ключей. Однако обычно используется не экспортируемые закрытые ключи, чтобы полностью использовать возможности смарт-карты.
Так что, если вы пишете приложение, оно становится вашим выбором. В противном случае кто-то другой уже сделал этот выбор для вас; -)