Я не могу придумать, как использовать StreamSource, но вы должны иметь возможность создать проверяющий SAXParser, получить из него XMLReader и использовать его в качестве входных данных для SAXSource. По крайней мере, это предотвращает построение дерева перед преобразованием. Однако в любом случае преобразование вполне может построить дерево.