Разрыв цикла, когда в R появляются "warnings ()"

Question

У меня проблема: я запускаю цикл для обработки нескольких файлов.Мои матрицы огромны, и поэтому мне часто не хватает памяти, если я не осторожен.

Есть ли способ выйти из цикла, если появятся какие-либо предупреждения?Он просто продолжает цикл и сообщает, что он потерпел неудачу намного позже ... раздражает.Любые идеи о мудрых stackoverflow-ers?!

Answer 1

Вы можете превратить предупреждения в ошибки с помощью:

options(warn=2)

В отличие от предупреждений, ошибки будут прерывать цикл. Хорошо, что R также сообщит вам, что эти конкретные ошибки были преобразованы из предупреждений.

j <- function() {
    for (i in 1:3) {
        cat(i, "\n")
        as.numeric(c("1", "NA"))
}}

# warn = 0 (default) -- warnings as warnings!
j()
# 1 
# 2 
# 3 
# Warning messages:
# 1: NAs introduced by coercion 
# 2: NAs introduced by coercion 
# 3: NAs introduced by coercion 

# warn = 2 -- warnings as errors
options(warn=2)
j()
# 1 
# Error: (converted from warning) NAs introduced by coercion

Answer 2

R позволяет вам определить обработчик условия

x <- tryCatch({
    warning("oops")
}, warning=function(w) {
    ## do something about the warning, maybe return 'NA'
    message("handling warning: ", conditionMessage(w))
    NA
})

, что приводит к

handling warning: oops
> x
[1] NA

Выполнение продолжается после tryCatch;Вы можете решить прекратить преобразование предупреждения в ошибку

x <- tryCatch({
    warning("oops")
}, warning=function(w) {
    stop("converted from warning: ", conditionMessage(w))
})

или корректно обработать условие (продолжение оценки после вызова предупреждения)

withCallingHandlers({
    warning("oops")
    1
}, warning=function(w) {
    message("handled warning: ", conditionMessage(w))
    invokeRestart("muffleWarning")
})

, которое печатает

handled warning: oops
[1] 1

Answer 3

Установить глобальную warn опцию:

options(warn=1)  # print warnings as they occur
options(warn=2)  # treat warnings as errors

Обратите внимание, что «предупреждение» не является «ошибкой». Циклы не прекращаются для предупреждений (если только options(warn=2)).